顺式作用元件直接用ChIp on Chip来做，简单的很所谓顺式作用因子，是指必须和目的基因位于同一DNA分子上才能发挥调控作用的的原件，因此通常他们是指一些核酸序列（启动子，增强子，miRNA的作用靶序列等等），而反式作用因子的定义这是当它和被调节基因不位于同一DNA分子上时也能发挥调控作用（当然，在同一DNA分子上时也能发挥作用），它们通常是DNA编码的蛋白或者核酸（转录因子，miRNA等等）。
假如我没记错的话，反式作用和顺式作用的定义最开始是在原核生物中建立起来的，可能是研究乳糖操纵子时引入的概率（不确定），而原核生物是没有组蛋白的，因此chip-on-chip似乎不是研究顺势和反式作用的必需条件。
从定义上可以看出来，鉴定顺式和反正的作用首要的是要确定该元件发挥作用是否需要和目标基因在同一分子上。所有你首先该做的是把你怀疑的顺式或者反式作用原件克隆在同一个质粒（A组）上或者分别克隆在两个单独的质粒上(B组)，假如是顺式作用的，仅在A中能看到调节作用，是反式作用的，在A和B中都能看到调节作用。在确定是顺式还是反式作用以后，在根据该元件的性质来研究所谓模式。
顺式作用元件本质上说是一段DNA序列，存在基因序列的上游或者是下游，来对基因的表达进行调控。而反式作用因子实际上是一些可以调控基因表达的蛋白质分子，这些蛋白质通过与顺式作用元件发生作用来调控基因表达。
顺式作用元件顺式作用元件(cis-actingelement)存在于基因旁侧序列中能影响基因表达的序列。顺式作用元件包括启动子、增强子、调控序列和可诱导元件等，它们的作用是参与基因表达的调控。顺式作用元件本身不编码任何蛋白质，仅仅提供一个作用位点，要与反式作用因子相互作用而起作用。
反式作用因子：指和顺式作用元件结合的可扩散性蛋白，包括基础因子，上游因子，诱导因子。
顺式作用元件件在分子遗传学领域，相对同一染色体或DNA分子而言为“顺式”（cis）；对不同染色体或DNA分子而言为“反式”（trans）。
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希望本篇文章《怎么分析顺式作用元件,反式因子》能对你有所帮助！
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